Игра начинается в неком японском городке Сумару, в здании молодежного журнального издательства Kismet, где пребывает главная героиня игры (известная нам так же по P2: IS) – Maya Amano. Ей было поручено задание – расследовать и собрать материал о неком серийном маньяке, именующегося как Джокер. Героиня и ее подруга - Ulala прибывают в местную высшую школу Семь Сестер (Seven Sisters High), где начинают собирать материал, расспрашивая об этом школьников. Вскоре они встречают следователя, именующегося как Katsuya, где у них можно сказать “из - под носа” убивают ректора школы. Выйдя тут же на след преступника, они застают его врасплох, но ему удается ретироваться, воспользовавшись призывом монстров. Герои остаются ни с чем, но путем проб и ошибок они выясняют, что за всеми убийствами стоит не один человек, а очень хорошо организованная оккультная секта – New World Order. На этом добрая половина вводного сюжета заканчивается и дальше начинаются непонятные хитросплетения в сюжете, связанные с Innocent Sin. Персонажи начинают говорить о некой “Другой Стороне”, неком “Невинном Грехе”, который никто и не помнит, за что им его приписали. Добрая половина вся рассказывается в приквеле, а здесь мало что понятно, но играть можно, благо на Западе местные энтузиасты перевели все сюжетные диалоги IS на английский язык, а сам скрипт в последствии назвали Oracle of Maya. Поэтому, прочтя его от корки до корки, и поиграв в EP уже можно будет понять, что это за “Невинный Грех” такой и что такое “Другая Сторона”.